南京中医药大学翰林学院的前身为著名中医药学府——南京中医药大学于2002年3月组建的公有民办二级学院。2005年5月，经教育部确认，我院成为全国为数不多、江苏仅有的一所以中医药为主体学科、开展全日制本科教育的独立学院。为了响应江苏省委、省政府的号召，推动全省高等教育布局调整，支持全国唯一的国家级医药高新区——泰州中国医药城建设，探索和创新中医药高等教育的新模式、新体制，经国家教育部核准，在江苏省有关厅局和泰州市委、市政府的关心支持下，我院即将迁址泰州中国医药城教育教学区办学，成为中国医药城第一所本科院校。